Se puede asumir que la lengua callahuaya emergió en algún momento durante el proceso de desplazamiento en la región del puquina al quechua. Los rituales de curación exigían una lengua secreta mientras que el radio cada vez más amplio de acción de los curanderos (por toda la zona quechua parlante de los Andes) hizo necesaria una lengua basada en el quechua, pero secreta. Mientras que el aimara y el quechua tienen para varios conceptos préstamos de origen español, el callahuaya los tiene propios, lo que indica una elaboración léxica durante el periodo colonial o republicano.

Casi no se sabe nada de cómo emergió la lengua, pero puede ser que los curanderos itinerantes mezclaran el medio olvidado puquina que hablaban, con el quechua en el que eran fluidos. De manera que una lengua muerta, la puquina, puede haber jugado un papel y no tanto los matrimonios mixtos. Los callahuaya mantienen una identidad separada y su lengua secreta contribuye a ello. No es probable que haya sido nunca lengua de contacto.

El callahuaya (kallawaya, callawaya) o machaj juyay 'lengua del pueblo' se habla en una región al noroeste de Bolivia, en la región nororiental del Lago Titicaca por los miembros más mayores de un grupo itinerante de 2.000 curanderos, todos varones. El centro de los curanderos callahuaya, que también actúan en La Paz y viajan por toda Sudamérica, es Charazani y Curva, en la provincia de Bautista Saavedra.

Poco se sabe sobre el contexto en el que se habla el callahuaya, pero algunas cosas se saben con certeza. No es inteligible para hablantes de lenguas de las cuales puede proceder, pero suena de alguna manera como el quechua. Los callahuaya son conceptuados con temor y parte de eso se debe a su conocimiento de una lengua secreta, denominada por algunos como 'la lengua de los incas', aunque esto es probablemente incorrecto. Es posible que a estas alturas la lengua ya esté extinguida.

Esencialmente el callahuaya es una mezcla del quechua y del puquina, habiendo adoptado una serie de oclusivas glotalizadas y aspiradas (que faltan en puquina) del quechua y el sistema de cinco vocales con las longitudes propias del puquina (el quechua tiene un sistema de tres vocales y en las variedades meridionales les falta la distinción de longitud). Mientras que las vocales largas sólo aparecen en palabras de origen puquina las oclusivas aspiradas y glotalizadas aparecen en palabras tomadas del quechua y del puquina. Cuando consideramos la distribución de consonantes y de grupos de consonantes, el sistema callahuaya recuerda al del quechua más que al del puquina.

Si la mayor parte de la morfología del quechua está intacta el léxico puquina es reducido aunque varias otras lenguas han contribuido también, lo que indica que los hablantes originales de quechua inventaron el callahuaya o que la quechuización estaba avanzada cuando la lengua emergió.

El sistema callahuaya de casos es muy parecido al del quechua, habiendo diez afijos que se unen al comienzo de los nombres en las frases nominales. El locativo quechua -pi se alterna con -pichu. Los complementos y objetos tienden a ir antes del verbo, los predicados preceden a la cópula y todos los modificadores van antes del nombre. También parece haber un sistema de postposiciones similares al del quechua pero con diferentes modelaciones léxicas.

La diferencia más grande entre la morfología callahuaya y quechua está en la segunda y tercera persona, que se marcan en quechua con -nki/-yki y -n, respectivamente.