La lengua estonia (eesti keel) pertenece al grupo balto-finés de la rama ugro-finesa de la familia de lenguas urálicas.

Los primeros registros de nombres en lengua estonia proceden de principios del siglo XIII y los textos más antiguos son del siglo XVI, produciéndose la impresión del primer libro, un catecismo en estonio septentrional o lengua de Tallin, en 1535 siendo traducido al estonio por Johann Koell. En la parte meridional de Estonia, otra lengua literaria conocida mayormente como lengua tartu y usada en el territorio de Tartu y Voru, se usó desde le siglo XVII. 

La primera gramática estonia septentrional fue escrita por Heinrich Stahl (1600-1657) y la primera gramática meridional fue escrita por Johann Gutsleff en 1648. Ambas lenguas literarias fueron desarrolladas primero por pastores luteranos de origen alemán con el propósito de hacer las Escrituras accesibles a cualquiera en su lengua nativa. En 1766 aparece el primer periódico estonio que se publica semanalmente.

El retroceso del dialecto meridional tartu ya comienza en el siglo XIX, después de que Anton Thor Helle (1683-1748) publicara su gramática en estonio septentrional y especialmente de que fuera traducida la Biblia a dicho dialecto bajo la supervisión de Helle en 1739. El declive del estonio meridional se completó en la segunda mitad del siglo XIX.

Desde 1820 en adelante, más y más estonios tomaron parte en el desarrollo de la lengua literaria, siendo especialmente influyente Otto Wilhelm Masing (1763-1832), quien escribió varios libros educativos sobre los fundamentos de la fe cristiana y reinició la publicación de un periódico entre 1821 y 1825. También escribió sobre complejos problemas acerca de la pronunciación y ortografía estonia, siendo el primer autor en introducir la vocal estonia ë.

Desde 1840, el médico y escrito Friedrich Reinhold Kreutzwald hizo significativas contribuciones al crear una terminología médica, química y geográfica que usó en sus libros de texto y popularizó en escritos sobre la salud y el conocimiento en general. Junto con el surgimiento del nacionalismo, el estonio pasó de ser una lengua rural a otra unificada y universal. A partir de ese momento se han publicado diccionarios y se han creado instituciones para la regulación de la lengua.

El estonio ha estado en contacto con el finés al norte y al nordeste, con el ingrio y el votio en el nordeste, con el ruso al este, con el letonio al sur, con el livonio al suroeste y con el sueco al oeste. Desde el siglo XIII hasta 1939 vivió en Estonia una desparramada población alemana (16.000 en 1939) y desde el mismo tiempo hasta 1944 también hubo una pequeña población sueca (8.000 en 1939), que estaba concentrada en la costa noroccidental y en las islas de Vormsi y Ruhnu. Desde comienzos del siglo XVII ha habido en la costa occidental del Lago Peipsi, en la ribera oriental del río Narva al sur del Ingermanland estonio y en el oriental estaba una población rusa que actualmente se cifra en 150.000 personas y unos 450.000 hablantes de ruso procedentes de las ex-Repúblicas soviéticas que llegaron a Estonia en 1944-48.

Es hablada por 1 millón de estonios, principalmente en Estonia pero también en Rusia (descendientes de los reasentamientos al final del siglo XIX) y en Suecia, Canadá, Estados Unidos y Australia. Ha habido enclaves estonios en Letonia y en Rusia; el enclave Ilzene y el Lutsi en Ludza, Letonia, no se extinguieron hasta el siglo XX.

Los dialectos estonios se clasifican en tres grupos:

• Dialecto nororiental

• Dialecto septentrional, que incluye: el insular, el occidental, el central y los dialectos occidentales.

• Dialecto meridional, que incluye el mulgi, tartu y voru. Este último, también denominado võro-seto, en estonio võru keel, se habla en la esquina suroriental de Estonia y en la zona de Pechory, en la provincia de Pskov en la Federación Rusa, por unas 50.000 personas de todas las edades, aunque los jóvenes se desplazan a la lengua mayoritaria. Está amenazado.

Pero los grupos septentrional y nordeste marítimo se pueden reclasificar en dos grupos, por lo que el estonio puede dividirse en cinco grupos principales:

• Septentrional

• Oriental

• Nororiental

• Marítimo

• Meridional

Los dialectos meridionales, en particular el voru son los menos inteligibles para los demás hablantes de estonio; estos dialectos han permanecido apenas sin influencia del dialecto septentrional hasta el siglo XIX y su grupo más oriental, llamado setus, estuvo unido administrativamente con otros estonios sólo en el intervalo de la Guerra de Liberación de 1919.

El estonio meridional probablemente procede del proto-baltofinés, mientras que el estonio marítimo procede de un baltofinés septentrional y cercano al finés oriental; los dialectos nororientales y orientales eran originalmente más cercanos al votio que el estonio septentrional.

Como resultado del alto nivel general de alfabetización alcanzado ya en el siglo XIX y del prestigio de la educación y otros factores históricos, los anteriores dialectos fueron absorbidos por el septentrional, menos el voru meridional es todavía usado en alguna medida, aunque raramente por los niños.

Para escribir en estonio se usa el alfabeto romano más cuatro letras añadidas; las letras c, f, q, w, x, y, z sólo ocurren en préstamos recientes.

Juan 1:1-8 en dialecto de Tallin

Juan 3:16 en estonio setu

El orden de la frase es sujeto, verbo y complemento. La lengua estonia posee un alto número de préstamos del alemán (incluyendo bajo alemán), como preester 'sacerdote' (alemán priester), piht 'confesión' (alemán beichte), kriit 'tiza' (alemán kreide), leit 'vestido' (alemán kleid). Además, durante el desarrollo del estonio normativo a finales del siglo XIX y principios del XX, varios neologismos fueron creados con bases arbitrarias pero que han tenido mucho éxito, como relv 'arma', reetma 'traicionar'.

Desde un punto de vista estructural la principal característica del estonio (todos lo dialectos salvo el nororiental) es la triple longitud fonémica en consonantes y vocales, como koli (con o corta) 'junco', kooli (con o larga) 'de la escuela' y kooli (con o extra-larga) 'a la escuela'.

La lengua tiene la característica balto-finesa consistente en la gradación consonántica, que es la alternancia de consonantes en ciertos contextos. Ha perdido la armonía vocálica (que existe cuando ciertas vocales no pueden ocurrir con otras vocales específicas en una palabra determinada). Como otras lengua urálicas el estonio marca las categorías gramaticales por la adición de sufijos a la raíz.

El acento tónico cae siempre en la primera sílaba, cualquier vocal de cualquier longitud puede aparecer en la primera sílaba, en las sílabas siguientes sólo la a, e, i, u aparecen.

No hay género ni artículos; hay dos números y catorce casos. El nominativo plural es siempre -d. Los pronombres personales tiene formas largas y cortas, siendo en singular 1 mina/ma, 2 sina/sa, 3 tema/ta y en plural 1 meie/me, 2 teie/te, 3 nemad/nad.

La numeración del 1 al 10 es la siguiente: üks, kaks, kolm, neli, viis, kuus, seitse, kaheksa, üheksa, kümme; 11 üksteist, 12 kaksteist, 20 kakskümmend, 30 kolmkümmend, 100 sada.

El modo indicativo tiene cuatro tiempos: dos simples y dos compuestos. No hay tiempo futuro.