Desde su celda predicaba a la gente que se congregaba afuera, hasta que el prior de su orden le permitió hacerlo desde el púlpito de la iglesia. Los servicios religiosos dirigidos por Tausen eran cantados en danés en lugar de latín y los manuales litúrgicos que publicó fueron de gran importancia en la creación de una liturgia reformada en Dinamarca. En 1526 dejó su orden y la Iglesia Católica, siendo nombrado capellán luterano por el rey Federico I y designado a ministrar en Copenhague, donde impulsó la Reforma granjeándose fama como predicador. Tras la muerte de su protector, Tausen fue denunciado como blasfemo por el obispo Joachim Rønnow, siendo expulsado de las diócesis de Sjaelland y Skåne, pero los ciudadanos se levantaron en armas contra el obispo quien hubiera sido asesinado de no ser por la intervención del propio Tausen.

Tras este suceso el propio obispo anuló la sentencia contra Tausen permitiéndole predicar aunque bajo la condición de moderar el tono. El triunfo final de la Reforma en Dinamarca, en 1536, supuso para Tausen su designación como profesor de hebreo en la Universidad de Copenhague, siendo nombrado obispo luterano de Ribe (Ripen) en 1542.

Su trabajo de traducción consistió en los cinco primeros libros de la Biblia, el Pentateuco, del hebreo al danés en 1535, para lo cual hizo uso de la versión de Lutero.