Juan de Vergara fue uno de los eruditos que trabajaron en la Biblia Políglota auspiciada por el cardenal Cisneros en Alcalá de Henares (Madrid). Fue secretario particular del susodicho cardenal y de su sucesor el arzobispo de Toledo D. Alfonso de Fonseca. Ejerció la cátedra de filosofía en la universidad de Alcalá y fue un gran admirador de Erasmo, a quien consideraba el humanista por excelencia. A su vez Erasmo no ahorra alabanzas hacia Vergara, a quien pone como ejemplo de escritor elegante.

Pertenecía a una de las más selectas familias judías de Toledo, pues su hermano Francisco fue catedrático de griego en la misma universidad. También su hermana Isabel era mujer docta y traductora de las obras de Erasmo.

Tras la muerte de Fonseca, arzobispo de Toledo, que protegía a Juan de Vergara la suerte de éste cambió y sus enemigos buscaron la manera de destruirlo. A tal efecto, dice Francisco de Enzinas:

"Conocemos a Juan Vergara de Alcalá, un hombre de gran sabiduría y ciencia quien, porque los monjes le odiaban, fue apresado por la Inquisición no por otra razón que porque favoreció  a Erasmo y aprobaba sus libros. Sólo después de algunos años de prisión fue puesto en libertad."

Tradujo los libros sapienciales de la Biblia del hebreo al latín, incluyendo el Eclesiástico.