No existe consenso sobre el origen y vínculos de parentesco del aimara con otras lenguas andinas, excepto en lo tocante a las lenguas aru (aimara: "palabra") de las que el aimara es el principal representante. Pertenecen al mismo grupo el jaqaru y el kawki, ambos hablados en pequeños enclaves en las alturas del departamento de Lima, Perú. En la medida que el método glotocronológico sea válido, se estima que la escisión entre estos dos idiomas y el aimara ocurrió hacia los siglos V y IX de nuestra era (Hardmann 1966, Torero 1970). Prevalece también la opinión de que las lenguas aru están emparentadas con las varias lenguas quechuas (runasimi). 

Todas las lenguas aru y runasimi serían ramas del proto-quechumara. Pero en este punto ya no existe consenso: algunos piensan que las semejanzas se deben sólo al efecto de tantos siglos de contacto y difusión mutua. En algunos puntos, como por ejemplo la inclusión de la serie oclusiva glotal en el quechua cuzqueño, la hipótesis de la difusión por contacto parece adecuada. Sin embargo, comparaciones de tipo estructural morfológico, sintáctico y semántico dan suficiente solidez a la opinión del origen común, como la más probable.

Esta rama de lenguas se compone de dos grupos perfectamente diferenciados: el quechua y el aimara.

La siguiente lista contiene algunas de las similitudes que caracterizan las relaciones entre las familias quechua y aimara:

• Los sistemas fonéticos, que pueden reconstruirse a partir de las proto-lenguas en ambas familias, son casi idénticos, salvo el hecho de que el aimara muestra un contraste entre consonantes llanas, glotalizadas y aspiradas. Este contraste también se encuentra en los dialectos quechuas que rodean parcialmente la zona de habla aimara. También el aimara tiene una lateral (l), que no ocurre en proto-quechua y una nasal velar intervocálica (ŋ) que no se halla en quechua. El sistema fonético del aimara jaqarú contiene otras distinciones que son probablemente resultado de innovaciones.

• Un 25% del léxico que puede reconstruirse del proto-quechua y del proto-aimara es virtualmente idéntico. Junto a los términos culturales el léxico compartido por ambos grupos incluye varios puntos de vocabularios de indudable naturaleza básica, como nina 'fuego', warmi 'mujer', etc. Los números aimaras (salvo 'uno', dos' y 'cuatro') reflejan préstamos del quechua o son derivaciones de otros números. Un antiguo término para 'cinco' se puede reconocer en los números aimaras 'siete' y 'ocho'. El resto del léxico que puede reconstruirse dentro de cada familia es totalmente diferente; por ejemplo, aimara iki-, quechua punyu- 'dormir'; aimara haqi, quechua runa 'hombre', 'ser humano', etc.

• La estructura morfológica del quechua y del aimara es estrictamente la misma. Aparte de eso los significados de los sufijos individuales son parcialmente idénticos en ambos grupos de lenguas. Por ejemplo, el participio activo quechua termina en -q, en aimara en -iri. Con verbos de moción ambos tienen la función adicional de indicar el propósito de la moción. Sin embargo, el aimara tiene un sistema más elaborado de marcadores espaciales que el quechua. A duras penas los sufijos muestran similitudes formales ente ambos grupos: aimara -si-, quechua -ku-, 'reflexivo', aimara -qa-, quechua -rpu- 'movimiento hacia abajo'; aimara -na, quechua -p(a) 'caso genitivo', etc.

Las diferencias entre quechua y aimara no son menos significativas que sus similitudes. Además de las diferencias fonológicas, morfológicas y léxicas, las dos familias difieren en la estructura de la palabra, de la raíz y de la sílaba. Las raíces nominales aimaras acaban en una vocal, por lo que se añade una vocal final, usualmente -a, a los préstamos del quechua o del español. La eliminación de vocales en los verbos aimaras puede resultar en secuencias de hasta 8 consonantes consecutivas. En quechua los grupos de consonantes se limitan a secuencias de dos en posición intermedia.