Desde los primeros momentos del descubrimiento, los españoles entraron en contacto con las lenguas aborígenes de los troncos arahuacano (o arawak) y caribe (o karib). Se hablaban, entonces, en las Antillas Mayores, variedades del subgrupo taíno (o nitaíno) del primero. El taíno propiamente tal era hablado en Cuba y La Española (Santo Domingo y Haití); el borinquén, en Puerto Rico; el yamaye, en Jamaica y, en las Bahamas, el lucaya. En las Antillas Menores se hablan el eyeri (o allouage), el nepuya, el naparina y el caliponau (usado por las mujeres de las tribus caribes). También eran hablados, en las Antillas Menores, dialectos del caribe. Ninguno ha sobrevivido.

El lingüista polaco Tadeusz Milewski propuso una clasificación tipológica de las lenguas indias de Sudamérica en tres categorías:

• Atlántico, con pocas consonantes orales pero complejos sistemas de consonantes nasales y vocales orales y nasales, de las cuales las lenguas ge serían típicas.

• Pacífico, con complejos sistemas de consonantes orales pero con pocas consonantes nasales y unas pocas vocales, como es el caso de las lenguas quechuamarán.

• Central, con sistemas consonánticos más parecidos al tipo Pacífico y sistemas vocálicos como el Atlántico, de los cuales el chibchano sería típico.

En su estructuración fonológica las lenguas presentan una gran diversidad. Al respecto, si se compara, por ejemplo, el quechua, el mapuche y el guaraní, los dos primeros poseen un sistema vocálico sencillo, sólo con vocales orales (cinco y seis, respectivamente); el último posee, además de seis vocales orales, seis nasalizadas, o sea, doce en total. Tocante al consonantismo, el quechua se caracteriza por la presencia de series de fonemas oclusivos aspirados y glotalizados (eyectivos), desconocidos en mapuche y guaraní. Cabe destacar igualmente que en Hispanoamérica existen lenguas tonales, como, por ejemplo, el mixteco, el zapoteco y el otomí de México.

En cuanto a su estructuración morfológica, se registra también variedad, aunque muchas lenguas son polisintéticas y aglutinantes. En términos sencillos: en ellas se suelen formar palabras complejas, largas, constituidas por la unión (aglutinación) de varios elementos (morfemas), con significado léxico (raíces) y gramatical (categorías de número, persona, tiempo, aspecto, y demás; la categoría de género es poco frecuente), las cuales equivalen a oraciones de lenguas indoeuropeas. En ello se asemejan más a las lenguas ugrofinesas (finés, húngaro) y altaicas (turco). Los morfemas que expresan categorías gramaticales pueden prefijarse o sufijarse a la raíz (o raíces). Los infijos son poco frecuentes.

Es también característica de estas lenguas aborígenes la llamada incorporación, la cual consiste en introducir -incorporar-, en una forma verbal, el objeto directo de la acción, expresado éste por una raíz o por un afijo. Cuando se dice, en mapuche, katrü-mamüll-me-a-n, 'voy a ir a cortar leña', mamüll, 'leña' está incorporado. En mütrüm-tu-a-fi-ñ, el sufijo -fi- expresa el objeto directo. En el primer ejemplo en náhuatl huasteca, que se ha visto antes, lo hace el prefijo -k-.

Debido a tal procedimiento, las lenguas son llamadas incorporantes.